SECRET FILE
SECRET FILE Vol.1（2006年発売）
コナン・まじっく快斗・YAIBAがクロスオーバー！探偵事務所に相談に来る峰さやか・静香。キッドから宝刀を狙う予告が届いたという。剣道道場でキッドとヤイバが激突！さらに工藤新一まで登場！？
白鳥警部の別荘に招待されたコナンたち。散策したりご馳走を食べたりと楽しんでいると、地下のワインセラーで事件が発生！割れた高級ワイン…犯人は16人の中に？
服部と和葉に案内されて大阪を観光するコナンと蘭。そこで探偵団そっくりの三人組と遭遇！三人は「秘密の場所」にいる友達を探してほしいと服部に依頼するが…？
SECRET FILE Vol.2（2006年発売）
まじっく快斗のエピソード「クリスタル・マザー」にコナンたちが登場！豪華列車に乗るコナンと蘭。怪盗キッドが狙う宝石の行方は？
探偵団は働く人について調べるという授業の一環で小五郎の調査を開始。だが尾行中に誘拐事件が発生！博士の車で大追跡！
SECRET FILE Vol.3（2008年発売）
事務所に来た脅迫電話の謎を解くため、服部を呼び出すコナン。消えたダイヤを探すヒントは服部に似た声の男！コナンによる標準語講座が始まる？
博士からの謎解きゲームに挑戦する探偵団。ところが博士が事件に巻き込まれ、誘拐されてしまった！三つの手掛かりから博士を助け出せ！
SECRET FILE Vol.4（2010年発売）
雑誌編集部で起きた殺人事件。女子高生探偵・園子が華麗に解決！…という台本を書いたものの、続きが思いつかない園子は蘭や探偵団、新一に相談。無事に完成するのか！？
風邪をひいたコナンは、灰原の試作した解毒剤を試すことに。元の姿に戻り町を歩くと、どこか様子がおかしい。教室には蘭や園子の姿はなく、代わりにいたのは高校生になった探偵団――
MAGIC&BONUS FILE
MAGIC&BONUS FILEは、劇場版関連エピソードを課金視聴収録したDVDとしてセブンイレブンで販売されました。（※2019年現在在庫なし）
劇場版の各特別版BD・DVDにも収録されているので、そちらの購入をオススメします！
MAGIC FILE2
「戦慄の楽譜」のプレストーリー。新一の中学時代のエピソード。強盗事件の容疑者になってしまった男性のために、彼が見た「黒い犬」の飼い主を探す！ラストで、「戦慄の楽譜」で蘭が回想するシーンが少し描かれる。
MAGIC FILE3
「漆黒の追跡者」プレストーリー。雀荘で卓を囲む小五郎を見守る蘭は、小学校の七夕の思い出をコナンに話し始める――劇場版につながるシーンも描かれる、七夕と麻雀のお話。
MAGIC FILE4
「天空の難破船」のアフターストーリー。飛行船での事件の翌日、大阪に来たコナン。服部・和葉とともにオススメのお好み焼き屋へ向かうが次々とトラブルに巻き込まれ…！？
MAGIC FILE2011
「沈黙の15分」のアフターストーリー。コナンを心配して毛利家にやってきた服部。皆でお土産を食べながら、探偵団と園子の「お土産入れ替わり事件」の謎を解く！
BONUS FILE
「11人目のストライカー」のプレストーリー。新一の中学時代のエピソード。都大会で優勝を逃した新一たちサッカー部員が部室に入ると、黒板一面に各部員の欠点が書かれていた。犯人を探す新一だが…？
青山剛昌短編集
初期短編作品のアニメを収録したOVA。1998年に放送されたものが99年に2本のOVAになり、2011年にまとめて収録した「新装版 青山剛昌短編集 DVD付限定版」発売。名探偵コナン外伝【夜空に飛び立つ10個の惑星】収録。コナンが赤ん坊の頃、工藤有希子が締切前に消えた優作を探す物語。※他の収録作もアニメコナンのメインスタッフが制作しています！
